De l'ordre de 700000 pièces, les collections du musée sont distribuées en trois grands domaines : archéologie, histoire et ethnographie. Le département de l'iconographie répond dans la transversalité à cette distribution. Exposées sur 5000 m2, elles sont présentées selon un parcours chronologique et thématique qui privilégie, selon les cas, la métropole, le Bordelais ou les différents départements de l’Aquitaine. Une importante section d'arts d'Afrique et d'Océanie témoigne de l'importance de l'activité portuaire de la ville.